SACred

import%20marimo%0A%0A__generated_with%20%3D%20%220.25.2%22%0Aapp%20%3D%20marimo.App(%0A%20%20%20%20width%3D%22medium%22%2C%0A%20%20%20%20app_title%3D%22SACred%22%2C%0A%20%20%20%20css_file%3D%22sac_pitch.css%22%2C%0A%20%20%20%20html_head_file%3D%22sac_explorer_head.html%22%2C%0A)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_()%3A%0A%20%20%20%20import%20base64%0A%20%20%20%20import%20io%0A%20%20%20%20import%20os%0A%0A%20%20%20%20import%20altair%20as%20alt%0A%20%20%20%20import%20marimo%20as%20mo%0A%20%20%20%20import%20pandas%20as%20pd%0A%0A%20%20%20%20%40alt.theme.register(%22sac%22%2C%20enable%3DTrue)%0A%20%20%20%20def%20_sac_theme()%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20mid-tone%20text%20so%20the%20charts%20read%20on%20the%20light%20and%20on%20the%20dark%20marimo%20theme%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_ink%2C%20_muted%2C%20_grid%20%3D%20%22%235d6b70%22%2C%20%22%237d8b91%22%2C%20%22%23e1e7ea%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%7B%22config%22%3A%20%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22background%22%3A%20%22transparent%22%2C%20%22font%22%3A%20%22Source%20Sans%203%22%2C%20%22view%22%3A%20%7B%22stroke%22%3A%20None%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22axis%22%3A%20%7B%22labelColor%22%3A%20_muted%2C%20%22titleColor%22%3A%20_ink%2C%20%22gridColor%22%3A%20_grid%2C%20%22domainColor%22%3A%20%22%23c9d2d6%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22tickColor%22%3A%20%22%23c9d2d6%22%2C%20%22labelFontSize%22%3A%2012%2C%20%22titleFontSize%22%3A%2012%2C%20%22titleFontWeight%22%3A%20600%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22legend%22%3A%20%7B%22labelColor%22%3A%20_muted%2C%20%22titleColor%22%3A%20_ink%2C%20%22labelFontSize%22%3A%2012%2C%20%22titleFontSize%22%3A%2012%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22title%22%3A%20%7B%22font%22%3A%20%22Newsreader%22%2C%20%22fontSize%22%3A%2016%2C%20%22color%22%3A%20_ink%7D%7D%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20pretty(motif)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22Fe-NS2%3ASV%20-%3E%20Fe%E2%80%93NS%E2%82%82%3B%20arrangement%20labels%20dropped.%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20motif.split(%22%3A%22)%5B0%5D.replace(%22-%22%2C%20%22%E2%80%93%22%2C%201).translate(str.maketrans(%220123456789%22%2C%20%22%E2%82%80%E2%82%81%E2%82%82%E2%82%83%E2%82%84%E2%82%85%E2%82%86%E2%82%87%E2%82%88%E2%82%89%22))%0A%0A%20%20%20%20METALS%20%3D%20%5B%22Fe%22%2C%20%22Co%22%2C%20%22Ni%22%2C%20%22Cu%22%2C%20%22Zn%22%2C%20%22Mn%22%2C%20%22Mo%22%2C%20%22W%22%2C%20%22V%22%2C%20%22Cr%22%2C%20%22Ru%22%2C%20%22Pt%22%5D%0A%20%20%20%20COLORS%20%3D%20%5B%22%23c4682f%22%2C%20%22%233f6fc0%22%2C%20%22%233f9a6a%22%2C%20%22%231f8f8a%22%2C%20%22%237a8796%22%2C%20%22%23b0427a%22%2C%20%22%238a68b0%22%2C%20%22%235d5a93%22%2C%20%22%23b28a12%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22%236b7f2a%22%2C%20%22%23a5523f%22%2C%20%22%236f7c86%22%5D%0A%20%20%20%20metal_color%20%3D%20alt.Scale(domain%3DMETALS%2C%20range%3DCOLORS)%0A%20%20%20%20return%20alt%2C%20base64%2C%20io%2C%20metal_color%2C%20mo%2C%20os%2C%20pd%2C%20pretty%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(base64%2C%20io%2C%20mo%2C%20os%2C%20pd)%3A%0A%20%20%20%20%23%20On%20GitHub%20Pages%20(WebAssembly)%20the%20files%20sit%20in%20notebooks%2Fpublic%2F%20next%20to%20the%20page%20(copied%20there%20by%20the%20Pages%0A%20%20%20%20%23%20workflow)%3B%20locally%20they%20are%20read%20from%20data%2F%2C%20notebooks%2Fassets%2F%20and%20site%2F.%0A%20%20%20%20_loc%20%3D%20mo.notebook_location()%0A%20%20%20%20WEB%20%3D%20str(_loc).startswith(%22http%22)%0A%20%20%20%20_root%20%3D%20os.path.dirname(str(mo.notebook_dir()))%20if%20not%20WEB%20else%20%22%22%0A%20%20%20%20_dirs%20%3D%20%5Bos.path.join(_root%2C%20d)%20for%20d%20in%20(%22data%22%2C%20%22notebooks%2Fassets%22%2C%20%22site%22)%5D%0A%0A%20%20%20%20def%20src(name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20WEB%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20str(_loc%20%2F%20%22public%22%20%2F%20name)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20next(os.path.join(d%2C%20name)%20for%20d%20in%20_dirs%20if%20os.path.exists(os.path.join(d%2C%20name)))%0A%0A%20%20%20%20def%20embed(name%2C%20mime)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%22%22URL%20on%20the%20web%2C%20data%20URI%20locally%20(so%20a%20static%20export%20carries%20the%20file%20too).%22%22%22%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20WEB%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22public%2F%22%20%2B%20name%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20%22data%3A%25s%3Bbase64%2C%25s%22%20%25%20(mime%2C%20base64.b64encode(open(src(name)%2C%20%22rb%22).read()).decode())%0A%0A%20%20%20%20def%20text(name)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%23%20fetched%20by%20hand%20on%20the%20web%3A%20GitHub%20Pages%20serves%20gzip%2C%20the%20browser%20unpacks%20it%2C%20and%20pandas%20would%20try%20again%0A%20%20%20%20%20%20%20%20if%20WEB%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20from%20pyodide.http%20import%20open_url%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20return%20io.StringIO(open_url(src(name)).read())%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20src(name)%0A%0A%20%20%20%20dgh%20%3D%20pd.read_csv(text(%22dgh_graphene.csv%22))%0A%20%20%20%20stab%20%3D%20pd.read_csv(text(%22stability_graphene.csv%22))%0A%20%20%20%20xtb%20%3D%20pd.read_csv(text(%22xtb_scan.csv%22))%0A%20%20%20%20offsets%20%3D%20pd.read_csv(text(%22xtb_offsets.csv%22))%0A%20%20%20%20supports%20%3D%20pd.read_csv(text(%22xtb_supports.csv%22))%0A%20%20%20%20reactions%20%3D%20pd.read_csv(text(%22xtb_reactions.csv%22))%0A%20%20%20%20literature%20%3D%20pd.read_json(text(%22literature_check_final.json%22))%0A%20%20%20%20gallery%20%3D%20pd.read_json(text(%22gallery.json%22)%2C%20typ%3D%22series%22).to_dict()%0A%20%20%20%20assets%20%3D%20%7B%22logo%22%3A%20embed(%22sacred_logo.webp%22%2C%20%22image%2Fwebp%22)%2C%20%22md%22%3A%20embed(%22md_pyrolysis_1500K.mp4%22%2C%20%22video%2Fmp4%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22zoom%22%3A%20src(%22zoom_viewer.html%22)%20if%20WEB%20else%20open(src(%22zoom_viewer.html%22)).read()%7D%0A%20%20%20%20return%20(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20WEB%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20assets%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20dgh%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gallery%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20literature%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20offsets%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reactions%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20stab%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20supports%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xtb%2C%0A%20%20%20%20)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(dgh%2C%20pd%2C%20pretty%2C%20stab)%3A%0A%20%20%20%20%23%20one%20DFT%20value%20per%20motif%3A%20the%20H%20position%20closest%20to%20the%20optimum%2C%20with%20the%20metal's%20formation%20energy%20if%20computed%0A%20%20%20%20_d%20%3D%20(dgh.dropna(subset%3D%5B%22dG_H%22%5D).assign(a%3Dlambda%20d%3A%20d.dG_H.abs()).sort_values(%22a%22).drop_duplicates(%22motif%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.drop(columns%3D%5B%22E_f%22%2C%20%22U_diss%22%5D%2C%20errors%3D%22ignore%22))%0A%20%20%20%20dft%20%3D%20_d.merge(stab%5B%5B%22motif%22%2C%20%22E_f%22%2C%20%22U_diss%22%5D%5D%2C%20on%3D%22motif%22%2C%20how%3D%22left%22)%0A%20%20%20%20dft%20%3D%20dft.assign(site%3Ddft.motif.map(pretty)%2C%20metal%3Ddft.motif.str.split(%22-%22).str%5B0%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20H_on%3Ddft.state.map(%7B%22H_M%22%3A%20%22metal%22%2C%20%22H_S%22%3A%20%22S%20donor%22%7D).fillna(dft.state)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20stability%3Dpd.Series(pd.NA%2C%20index%3Ddft.index%2C%20dtype%3D%22object%22))%0A%20%20%20%20dft.loc%5Bdft.E_f.notna()%2C%20%22stability%22%5D%20%3D%20%22prefers%20metal%20particles%22%0A%20%20%20%20dft.loc%5Bdft.E_f%20%3C%200%2C%20%22stability%22%5D%20%3D%20%22holds%20its%20metal%20(E_f%20%3C%200)%22%0A%20%20%20%20dft.loc%5B(dft.E_f%20%3C%200)%20%26%20(dft.U_diss%20%3E%200)%2C%20%22stability%22%5D%20%3D%20%22holds%20its%20metal%2C%20also%20in%20water%20(U_diss%20%3E%200)%22%0A%20%20%20%20dft%5B%22stability%22%5D%20%3D%20dft.stability.fillna(%22not%20computed%22)%0A%20%20%20%20n_usable%20%3D%20int((dft.dG_H.round(2).abs()%20%3C%3D%200.2).sum())%0A%20%20%20%20return%20dft%2C%20n_usable%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(assets%2C%20dft%2C%20mo%2C%20n_usable%2C%20xtb)%3A%0A%20%20%20%20_facts%20%3D%20%5B(%22291%2C977%22%2C%20%22metal%20sites%20from%20the%20Protein%20Data%20Bank%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(f%22%7Bxtb.motif.nunique()%3A%2C%7D%22%2C%20%22single-atom%20sites%20in%20the%20xTB%20funnel%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(str(len(dft))%2C%20%22sites%20refined%20with%20DFT%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20(str(n_usable)%2C%20%22usable%20motifs%20for%20H%E2%82%82%20evolution%20(preliminary)%22)%5D%0A%20%20%20%20_tiles%20%3D%20%22%22.join(f'%3Cdiv%20class%3D%22sac-fact%7B%22%20good%22%20if%20k%20%3D%3D%203%20else%20%22%22%7D%22%3E%3Cb%3E%7Bv%7D%3C%2Fb%3E%3Cspan%3E%7Bt%7D%3C%2Fspan%3E%3C%2Fdiv%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20for%20k%2C%20(v%2C%20t)%20in%20enumerate(_facts))%0A%20%20%20%20mo.Html(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Cheader%20class%3D%22sac-hero%22%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-brand%22%3E%3Cimg%20src%3D%22%7Bassets%5B'logo'%5D%7D%22%20alt%3D%22SACred%20logo%22%3E%3Cdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22sac-eyebrow%22%3ESACred%20%C2%B7%20bioinspired%20single-atom%20catalysts%20from%20the%20PDB%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Ch1%3ETurning%20enzyme%20active%20sites%20into%20usable%20single-atom%20catalysts%3C%2Fh1%3E%3C%2Fdiv%3E%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cp%20class%3D%22sac-lede%22%3EAn%20agentic%20AI%20pipeline%20and%20open%20dataset%3A%20every%20metal%20site%20in%20the%20Protein%20Data%20Bank%20is%20reduced%0A%20%20%20%20%20%20to%20its%20first%20coordination%20shell%2C%20rebuilt%20as%20a%20single-atom%20site%20in%20graphene%2C%20MoS%E2%82%82%20or%20silica%2C%20screened%20with%0A%20%20%20%20%20%20GFN2-xTB%20and%20refined%20with%20DFT%2C%20for%20activity%20and%20for%20survival%20in%20synthesis.%20This%20notebook%20lets%20you%20browse%20the%0A%20%20%20%20%20%20results.%20All%20values%20are%20hackathon%20drafts%20that%20need%20expert%20checking.%3C%2Fp%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22sac-facts%22%3E%7B_tiles%7D%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%3C%2Fheader%3E%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(WEB%2C%20assets%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20_zoom%20%3D%20(mo.Html(f'%3Ciframe%20src%3D%22%7Bassets%5B%22zoom%22%5D%7D%22%20style%3D%22width%3A100%25%3Bheight%3A820px%3Bborder%3A0%22%3E%3C%2Fiframe%3E')%20if%20WEB%20else%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.iframe('%3C!doctype%20html%3E%3Chtml%20data-theme%3D%22light%22%3E%3Cmeta%20charset%3D%22utf-8%22%3E%3Cmeta%20name%3D%22viewport%22%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'content%3D%22width%3Ddevice-width%2C%20initial-scale%3D1%22%3E'%20%2B%20assets%5B%22zoom%22%5D%2C%20height%3D%22820px%22))%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.Html('%3Csection%20class%3D%22pt-section%22%3E%3Cdiv%20class%3D%22pt-kicker%22%3E1%20%C2%B7%20From%20enzyme%20to%20catalyst%3C%2Fdiv%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Ch2%3EEvery%20metal%20site%20of%20the%20PDB%20as%20a%20template%3C%2Fh2%3E%3Cp%20class%3D%22pt-lede%22%3EPress%20Play%3A%20from%20the%20whole%20enzyme%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'to%20its%20active%20site%2C%20to%20the%20first%20coordination%20shell%2C%20and%20to%20the%20same%20metal%20as%20a%20single-atom%20site%20on%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'graphene%2C%20MoS%E2%82%82%20and%20silica.%3C%2Fp%3E%3C%2Fsection%3E')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20_zoom%5D%2C%20gap%3D0.4)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.Html(%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Csection%20class%3D%22pt-section%22%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-kicker%22%3E2%20%C2%B7%20The%20pipeline%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Ch2%3EFrom%20protein%20structures%20to%20a%20shortlist%3C%2Fh2%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-flow%20pt-steps%22%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-card%22%3E%3Ch3%3EProtein%20Data%20Bank%3C%2Fh3%3E%3Cp%3Eevery%20metal%20site%2C%20reduced%20to%20its%20first%20coordination%20shell%3C%2Fp%3E%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cspan%20class%3D%22pt-arrow%22%3E%E2%86%92%3C%2Fspan%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-card%22%3E%3Ch3%3EDescriptor%20funnel%3C%2Fh3%3E%3Cp%3Eeach%20shell%20rebuilt%20in%20a%20support%3B%20GFN2-xTB%20and%20cheap%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20descriptors%20for%20activity%20and%20stability%3C%2Fp%3E%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cspan%20class%3D%22pt-arrow%22%3E%E2%86%92%3C%2Fspan%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-card%22%3E%3Ch3%3EDFT%3C%2Fh3%3E%3Cp%3Ethe%20best%20candidates%20refined%20with%20Quantum%20ESPRESSO%20(PBE-D3)%3C%2Fp%3E%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cspan%20class%3D%22pt-arrow%22%3E%E2%86%92%3C%2Fspan%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-card%22%3E%3Ch3%3ELearning%20from%20DFT%3C%2Fh3%3E%3Cp%3Ethe%20DFT%20data%20calibrate%20the%20xTB%20screen%20and%20train%20a%20MACE%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20force%20field%3C%2Fp%3E%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cspan%20class%3D%22pt-arrow%22%3E%E2%86%92%3C%2Fspan%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-card%22%3E%3Ch3%3ELiterature%20agents%3C%2Fh3%3E%3Cp%3EValency%20agents%20check%20what%20has%20been%20reported%20and%20benchmark%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20the%20models%3C%2Fp%3E%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%3C%2Fsection%3E%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(dft%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20window%20%3D%20mo.ui.slider(0.1%2C%201.0%2C%20step%3D0.05%2C%20value%3D0.2%2C%20label%3D%22Target%20window%20%7C%CE%94G_H%7C%20%E2%89%A4%22%2C%20show_value%3DTrue)%0A%20%20%20%20metals%20%3D%20mo.ui.multiselect(sorted(dft.metal.unique())%2C%20value%3Dsorted(dft.metal.unique())%2C%20label%3D%22Metals%22)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.Html('%3Csection%20class%3D%22pt-section%22%3E%3Cdiv%20class%3D%22pt-kicker%22%3E3%20%C2%B7%20Hydrogen%20evolution%20on%20graphene%20(DFT)%3C%2Fdiv%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Ch2%3EWhich%20motifs%20bind%20hydrogen%20near%20the%20optimum%2C%20and%20keep%20their%20metal%3F%3C%2Fh2%3E%3Cp%20class%3D%22pt-lede%22%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%CE%94G_H%20close%20to%200%20eV%20makes%20a%20good%20H%E2%82%82%20evolution%20site.%20The%20colour%20shows%20the%20stability%20test%3A%20a%20negative%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'formation%20energy%20E_f%20means%20the%20metal%20prefers%20the%20site%20over%20a%20metal%20particle%3B%20U_diss%20%26gt%3B%200%20means%20it%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'also%20resists%20dissolution.%20Hover%20a%20point%20for%20the%20motif.%3C%2Fp%3E%3C%2Fsection%3E')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.hstack(%5Bmetals%2C%20window%5D%2C%20justify%3D%22start%22%2C%20gap%3D2)%5D%2C%20gap%3D0.6)%0A%20%20%20%20return%20metals%2C%20window%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20dft%2C%20metals%2C%20mo%2C%20window)%3A%0A%20%20%20%20_d%20%3D%20dft%5Bdft.metal.isin(metals.value)%5D%0A%20%20%20%20_w%20%3D%20window.value%0A%20%20%20%20_band%20%3D%20alt.Chart().mark_rect(color%3D%22%23dcefe4%22%2C%20opacity%3D0.6).encode(y%3Dalt.datum(-_w)%2C%20y2%3Dalt.datum(_w))%0A%20%20%20%20_stab%20%3D%20alt.Scale(domain%3D%5B%22holds%20its%20metal%2C%20also%20in%20water%20(U_diss%20%3E%200)%22%2C%20%22holds%20its%20metal%20(E_f%20%3C%200)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22prefers%20metal%20particles%22%2C%20%22not%20computed%22%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20range%3D%5B%22%232f6b4f%22%2C%20%22%237fb89a%22%2C%20%22%23c4682f%22%2C%20%22%23b5bfc3%22%5D)%0A%20%20%20%20_pts%20%3D%20alt.Chart(_d).mark_circle(size%3D90%2C%20opacity%3D0.9%2C%20stroke%3D%22white%22%2C%20strokeWidth%3D1.5).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X(%22metal%3AN%22%2C%20title%3DNone%2C%20sort%3Dsorted(dft.metal.unique())%2C%20axis%3Dalt.Axis(labelAngle%3D0)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(paddingInner%3D0.4))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20xOffset%3Dalt.XOffset(%22jitter%3AQ%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y(%22dG_H%3AQ%22%2C%20title%3D%22%CE%94G_H%20(eV)%22%2C%20scale%3Dalt.Scale(domain%3D%5B-1.5%2C%201.5%5D%2C%20clamp%3DTrue%2C%20nice%3DFalse))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.Color(%22stability%3AN%22%2C%20scale%3D_stab%2C%20title%3D%22Stability%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend%3Dalt.Legend(orient%3D%22bottom%22%2C%20columns%3D2))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5Balt.Tooltip(%22site%3AN%22%2C%20title%3D%22motif%22)%2C%20alt.Tooltip(%22dG_H%3AQ%22%2C%20format%3D%22%2B.2f%22%2C%20title%3D%22%CE%94G_H%20(eV)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22H_on%3AN%22%2C%20title%3D%22H%20on%22)%2C%20alt.Tooltip(%22E_f%3AQ%22%2C%20format%3D%22%2B.2f%22%2C%20title%3D%22E_f%20(eV)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22U_diss%3AQ%22%2C%20format%3D%22%2B.2f%22%2C%20title%3D%22U_diss%20(V)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22enzyme%3AN%22%2C%20title%3D%22origin%22)%5D%2C%0A%20%20%20%20).transform_calculate(jitter%3D%22random()%22)%0A%20%20%20%20_chart%20%3D%20alt.layer(_band%2C%20_pts%2C%20data%3D_d).properties(width%3D%22container%22%2C%20height%3D360)%0A%20%20%20%20_near%20%3D%20(_d%5B_d.dG_H.round(2).abs()%20%3C%3D%20_w%20%2B%201e-9%5D.sort_values(%22dG_H%22%2C%20key%3Dabs)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%5B%5B%22site%22%2C%20%22dG_H%22%2C%20%22H_on%22%2C%20%22E_f%22%2C%20%22U_diss%22%2C%20%22stability%22%2C%20%22enzyme%22%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B%22site%22%3A%20%22motif%22%2C%20%22dG_H%22%3A%20%22%CE%94G_H%20(eV)%22%2C%20%22H_on%22%3A%20%22H%20on%22%2C%20%22E_f%22%3A%20%22E_f%20(eV)%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22U_diss%22%3A%20%22U_diss%20(V)%22%2C%20%22enzyme%22%3A%20%22origin%22%7D).round(2))%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5Bmo.ui.altair_chart(_chart%2C%20chart_selection%3DFalse%2C%20legend_selection%3DFalse)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.md(f%22**%7Blen(_near)%7D%20motifs**%20within%20%C2%B1%7B_w%3A.2f%7D%20eV%20(values%20rounded%20to%200.01%20eV)%3A%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(_near%2C%20selection%3DNone%2C%20page_size%3D10%2C%20show_column_summaries%3DFalse)%5D%2C%20gap%3D0.6)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo%2C%20offsets%2C%20pretty%2C%20xtb)%3A%0A%20%20%20%20%23%20calibrated%20xTB%3A%20raw%20GFN2-xTB%20%CE%94G_H%20plus%20a%20per-metal%20offset%20fitted%20to%20the%20DFT%20pairs%20(H%20on%20S%3A%20one%20offset)%0A%20%20%20%20_used%20%3D%20offsets%5Boffsets.used%5D%0A%20%20%20%20_off_m%20%3D%20dict(zip(_used%5B_used.state%20%3D%3D%20%22H_M%22%5D.metal%2C%20_used%5B_used.state%20%3D%3D%20%22H_M%22%5D.offset))%0A%20%20%20%20_off_s%20%3D%20float(_used%5B_used.state%20%3D%3D%20%22H_S%22%5D.offset.iloc%5B0%5D)%0A%20%20%20%20_x%20%3D%20xtb%5Bxtb.converged.astype(bool)%5D.copy()%0A%20%20%20%20_x%5B%22metal%22%5D%20%3D%20_x.motif.str.split(%22-%22).str%5B0%5D%0A%20%20%20%20_x%5B%22offset%22%5D%20%3D%20%5B(_off_m.get(m)%20if%20s%20%3D%3D%20%22H_M%22%20else%20_off_s)%20for%20m%2C%20s%20in%20zip(_x.metal%2C%20_x.state)%5D%0A%20%20%20%20_x%5B%22dG_H_cal%22%5D%20%3D%20_x.dG_H%20%2B%20_x.offset%0A%20%20%20%20funnel%20%3D%20(_x.dropna(subset%3D%5B%22dG_H_cal%22%5D).assign(a%3Dlambda%20d%3A%20d.dG_H_cal.abs()).sort_values(%22a%22)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.drop_duplicates(%22motif%22))%0A%20%20%20%20funnel%20%3D%20funnel.assign(site%3Dfunnel.motif.map(pretty)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20arrangement%3Dfunnel.motif.str.split(%22%3A%22).str%5B1%3A%5D.str.join(%22%20%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20origin%3Dfunnel.source.map(%7B%22scan%22%3A%20%22enzyme%20first%20shell%22%2C%20%22library%22%3A%20%22systematic%20library%22%7D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20H_on%3Dfunnel.state.map(%7B%22H_M%22%3A%20%22metal%22%2C%20%22H_S%22%3A%20%22S%20donor%22%7D))%0A%20%20%20%20n_xtb%20%3D%20xtb.motif.nunique()%0A%20%20%20%20_loo%20%3D%20_used%5B_used.state%20%3D%3D%20%22H_M%22%5D.set_index(%22metal%22).loo_mae.round(2).to_dict()%0A%20%20%20%20mo.Html(f%22%22%22%3Csection%20class%3D%22pt-section%22%3E%3Cdiv%20class%3D%22pt-kicker%22%3E4%20%C2%B7%20The%20xTB%20funnel%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Ch2%3E%7Bn_xtb%3A%2C%7D%20graphene%20sites%2C%20screened%20in%20minutes%20each%3C%2Fh2%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cp%20class%3D%22pt-lede%22%3EGFN2-xTB%20relaxes%20every%20site%20with%20and%20without%20H.%20A%20per-metal%20offset%20fitted%20to%20the%20DFT%20values%0A%20%20%20%20%20%20calibrates%20it%3B%20the%20leave-one-out%20error%20is%20about%200.1%E2%80%930.5%20eV%20(Co%20%7B_loo.get('Co')%7D%2C%20Fe%20%7B_loo.get('Fe')%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20Cu%20%7B_loo.get('Cu')%7D%2C%20Ni%20%7B_loo.get('Ni')%7D%2C%20Zn%20%7B_loo.get('Zn')%7D%20eV)%2C%20so%20the%20funnel%20ranks%2C%20the%20DFT%20decides.%20Below%3A%0A%20%20%20%20%20%20the%20%7Blen(funnel)%3A%2C%7D%20converged%20sites%20whose%20metal%20has%20a%20calibration.%20Sites%20come%20from%20enzyme%20first%20shells%20or%20from%20a%0A%20%20%20%20%20%20systematic%20library%20of%20all%20N%2FS%2FO%2FC%20arrangements.%3C%2Fp%3E%3C%2Fsection%3E%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%20(funnel%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20funnel%2C%20metal_color%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20_counts%20%3D%20(funnel.assign(near%3Dfunnel.dG_H_cal.abs()%20%3C%3D%200.3)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.groupby(%5B%22metal%22%2C%20%22origin%22%5D).near.mean().mul(100).round(0).reset_index(name%3D%22share%22))%0A%20%20%20%20_bars%20%3D%20alt.Chart(_counts).mark_bar(cornerRadiusEnd%3D4%2C%20height%3D12).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y(%22metal%3AN%22%2C%20title%3DNone%2C%20sort%3D%22-x%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20yOffset%3Dalt.YOffset(%22origin%3AN%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X(%22share%3AQ%22%2C%20title%3D%22share%20of%20sites%20within%20%C2%B10.3%20eV%20(%25)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.Color(%22origin%3AN%22%2C%20title%3D%22Sites%20from%22%2C%20scale%3Dalt.Scale(range%3D%5B%22%232c6bd3%22%2C%20%22%23b5bfc3%22%5D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend%3Dalt.Legend(orient%3D%22bottom%22))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%22metal%22%2C%20%22origin%22%2C%20alt.Tooltip(%22share%3AQ%22%2C%20title%3D%22%25%20near%20optimum%22)%5D%2C%0A%20%20%20%20).properties(width%3D%22container%22%2C%20height%3Dalt.Step(30))%0A%20%20%20%20_tbl%20%3D%20(funnel%5B%5B%22site%22%2C%20%22arrangement%22%2C%20%22metal%22%2C%20%22origin%22%2C%20%22H_on%22%2C%20%22dG_H_cal%22%5D%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.rename(columns%3D%7B%22site%22%3A%20%22motif%22%2C%20%22H_on%22%3A%20%22H%20on%22%2C%20%22dG_H_cal%22%3A%20%22%CE%94G_H%20calibrated%20(eV)%22%7D)%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.round(2).sort_values(%22%CE%94G_H%20calibrated%20(eV)%22%2C%20key%3Dabs))%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.tabs(%7B%22Share%20near%20the%20optimum%22%3A%20mo.ui.altair_chart(_bars%2C%20chart_selection%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_selection%3DFalse)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22All%20sites%20(search%20and%20filter)%22%3A%20mo.ui.table(_tbl%2C%20selection%3DNone%2C%20page_size%3D12)%7D)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.Html('%3Cp%20class%3D%22pt-note%22%3EDo%20enzyme%20shells%20do%20better%20than%20arbitrary%20arrangements%3F%20For%20Cu%2C%20Ni%20and%20Zn%20they%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'do%3B%20on%20partial%20data%20this%20is%20a%20hint%2C%20not%20a%20result.%3C%2Fp%3E')%5D%2C%20gap%3D0.4)%0A%20%20%20%20_%20%3D%20metal_color%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20mo%2C%20supports)%3A%0A%20%20%20%20%23%20calibrated%20xTB%20on%20the%20other%20supports%2C%20only%20where%20a%20per-metal%20calibration%20exists%0A%20%20%20%20_s%20%3D%20supports%5B(supports.state%20%3D%3D%20%22H_M%22)%20%26%20supports.dG_H_offset.notna()%5D.copy()%0A%20%20%20%20_s%5B%22support%22%5D%20%3D%20_s.support.map(%7B%22MoS2%22%3A%20%22MoS%E2%82%82%22%2C%20%22SiO2%22%3A%20%22silica%22%7D)%0A%20%20%20%20_base%20%3D%20alt.Chart(_s).encode(x%3Dalt.X(%22metal%3AN%22%2C%20title%3DNone%2C%20axis%3Dalt.Axis(labelAngle%3D0))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y(%22support%3AN%22%2C%20title%3DNone%2C%20axis%3Dalt.Axis(labelFontSize%3D13%2C%20labelPadding%3D8)))%0A%20%20%20%20_heat%20%3D%20_base.mark_rect(cornerRadius%3D4%2C%20stroke%3D%22white%22%2C%20strokeWidth%3D2).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.Color(%22dG_H_offset%3AQ%22%2C%20title%3D%22%CE%94G_H%2C%20eV%22%2C%20legend%3Dalt.Legend(gradientLength%3D100)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20scale%3Dalt.Scale(scheme%3D%22blueorange%22%2C%20domainMid%3D0%2C%20domain%3D%5B-1.6%2C%201.6%5D%2C%20clamp%3DTrue))%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5B%22support%22%2C%20%22metal%22%2C%20alt.Tooltip(%22dG_H_offset%3AQ%22%2C%20format%3D%22%2B.2f%22%2C%20title%3D%22%CE%94G_H%20calibrated%20(eV)%22)%5D)%0A%20%20%20%20_txt%20%3D%20_base.mark_text(fontSize%3D12%2C%20font%3D%22IBM%20Plex%20Mono%22).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20text%3Dalt.Text(%22dG_H_offset%3AQ%22%2C%20format%3D%22%2B.2f%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.condition(%22abs(datum.dG_H_offset)%20%3E%200.9%22%2C%20alt.value(%22white%22)%2C%20alt.value(%22%231c2427%22)))%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.Html('%3Csection%20class%3D%22pt-section%22%3E%3Cdiv%20class%3D%22pt-kicker%22%3E5%20%C2%B7%20Beyond%20graphene%3C%2Fdiv%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Ch2%3EThe%20same%20metals%20on%20MoS%E2%82%82%20and%20silica%3C%2Fh2%3E%3Cp%20class%3D%22pt-lede%22%3EEnzyme%20sites%20mapped%20onto%20MoS%E2%82%82%20(a%20metal%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'on%20three%20S%20of%20the%20sheet%2C%20like%20the%20Fe%20of%20an%20Fe%E2%80%93S%20cluster)%20and%20silica%20(siloxide%20O%2C%20like%20the%20water%20and%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'carboxylate%20O%20of%20carbonic%20anhydrase%20or%20ferritin).%20Calibrated%20xTB%20with%20H%20on%20the%20metal%3B%20white%20is%20the%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'optimum.%20On%20MoS%E2%82%82%2C%20Fe%20is%20confirmed%20by%20DFT.%3C%2Fp%3E%3C%2Fsection%3E')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.altair_chart((_heat%20%2B%20_txt).properties(width%3D%22container%22%2C%20height%3D130)%2C%20chart_selection%3DFalse%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20legend_selection%3DFalse)%5D%2C%20gap%3D0.4)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20reaction%20%3D%20mo.ui.dropdown(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%7B%22O%E2%82%82%20reduction%20(limiting%20potential%2C%20higher%20is%20better)%22%3A%20%22U_ORR_cal%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22CO%E2%82%82%20%E2%86%92%20CO%22%3A%20%22U_CO%22%2C%20%22CO%E2%82%82%20%E2%86%92%20formate%22%3A%20%22U_HCOOH%22%2C%20%22N%E2%82%82%20%E2%86%92%20NH%E2%82%83%22%3A%20%22U_NRR%22%7D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20value%3D%22O%E2%82%82%20reduction%20(limiting%20potential%2C%20higher%20is%20better)%22%2C%20label%3D%22Reaction%22)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.Html('%3Csection%20class%3D%22pt-section%22%3E%3Cdiv%20class%3D%22pt-kicker%22%3E6%20%C2%B7%20Other%20reactions%3C%2Fdiv%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Ch2%3EO%E2%82%82%2C%20CO%E2%82%82%20and%20N%E2%82%82%20on%20the%20same%20sites%3C%2Fh2%3E%3Cp%20class%3D%22pt-lede%22%3EThe%20intermediates%20of%20each%20reaction%20on%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'every%20graphene%20candidate%2C%20with%20GFN2-xTB.%20These%20are%20trends%3A%20for%20O%E2%82%82%20reduction%2C%20our%20DFT%20check%20on%20Co%E2%80%93N%E2%82%84%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'reproduces%20the%20published%200.93%20V.%3C%2Fp%3E%3C%2Fsection%3E')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20reaction%5D%2C%20gap%3D0.6)%0A%20%20%20%20return%20(reaction%2C)%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(alt%2C%20metal_color%2C%20mo%2C%20pretty%2C%20reaction%2C%20reactions)%3A%0A%20%20%20%20_c%20%3D%20reaction.value%0A%20%20%20%20_r%20%3D%20(reactions%5B(reactions.kind%20%3D%3D%20%22graphene%22)%20%26%20~reactions.calibration_only.astype(bool)%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20.dropna(subset%3D%5B_c%5D).nlargest(15%2C%20_c))%0A%20%20%20%20_r%20%3D%20_r.assign(motif%3D_r.site.map(pretty)%20%2B%20%22%20%20%22%20%2B%20_r.site.str.split(%22%3A%22).str%5B2%5D.fillna(%22%22))%0A%20%20%20%20_chart%20%3D%20alt.Chart(_r).mark_bar(cornerRadiusEnd%3D4%2C%20height%3D14).encode(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20y%3Dalt.Y(%22motif%3AN%22%2C%20sort%3D%22-x%22%2C%20title%3DNone)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20x%3Dalt.X(f%22%7B_c%7D%3AQ%22%2C%20title%3D%22limiting%20potential%20(V%20vs%20RHE)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20color%3Dalt.Color(%22metal%3AN%22%2C%20scale%3Dmetal_color%2C%20legend%3DNone)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20tooltip%3D%5Balt.Tooltip(%22motif%3AN%22)%2C%20alt.Tooltip(f%22%7B_c%7D%3AQ%22%2C%20format%3D%22%2B.2f%22%2C%20title%3D%22U_L%20(V)%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20alt.Tooltip(%22dG_H%3AQ%22%2C%20format%3D%22%2B.2f%22%2C%20title%3D%22%CE%94G_H%20(eV)%22)%5D%2C%0A%20%20%20%20).properties(width%3D%22container%22%2C%20height%3Dalt.Step(22))%0A%20%20%20%20mo.ui.altair_chart(_chart%2C%20chart_selection%3DFalse%2C%20legend_selection%3DFalse)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(gallery%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20%23%20six%20motifs%20from%20enzyme%20to%20catalyst%20as%20small%203D%20models%20(site%2Fgallery.py)%3B%20the%20marks%20are%20preliminary%0A%20%20%20%20import%20json%20as%20_json%0A%20%20%20%20_cards%20%3D%20%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22fe_s2c%22%2C%20%22Nitrogenase%20FeMo-cofactor%22%2C%20%22Fe%E2%80%93S%E2%82%82C%22%2C%20%22graphene%20%C2%B7%20H%E2%82%82%20evolution%22%2C%20%22yes%22%2C%20%22no%22%2C%20%22yes%22%2C%20%22Fe%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22fe_ns2%22%2C%20%22Fe%E2%80%93S%20cluster%20with%20a%20His%20ligand%22%2C%20%22Fe%E2%80%93NS%E2%82%82%22%2C%20%22graphene%20%C2%B7%20H%E2%82%82%20evolution%22%2C%20%22yes%22%2C%20%22no%22%2C%20%22yes%22%2C%20%22Fe%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22co_silica%22%2C%20%22Carbonic%20anhydrase%2C%20Co%20form%22%2C%20%22Co%E2%80%93O%E2%82%83%22%2C%20%22silica%20%C2%B7%20H%E2%82%82%20evolution%22%2C%20%22close%22%2C%20%22open%22%2C%20%22open%22%2C%20%22Co%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22fe_mos2%22%2C%20%22Fe%20of%20an%20Fe%E2%80%93S%20cluster%22%2C%20%22Fe%E2%80%93S%E2%82%83%22%2C%20%22MoS%E2%82%82%20%C2%B7%20H%E2%82%82%20evolution%22%2C%20%22yes%22%2C%20%22open%22%2C%20%22open%22%2C%20%22Fe%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22cu_n3%22%2C%20%22Cytochrome%20c%20oxidase%20CuB%2C%20laccase%22%2C%20%22Cu%E2%80%93N%E2%82%83%22%2C%20%22graphene%20%C2%B7%20H%E2%82%82%20evolution%22%2C%20%22yes%22%2C%20%22no%22%2C%20%22no%22%2C%20%22Cu%22)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20(%22co_n2oc%22%2C%20%22Metal%20environment%20in%20the%20PDB%22%2C%20%22Co%E2%80%93N%E2%82%82OC%22%2C%20%22graphene%20%C2%B7%20H%E2%82%82%20evolution%22%2C%20%22yes%22%2C%20%22yes%22%2C%20%22yes%22%2C%20%22Co%22)%2C%0A%20%20%20%20%5D%0A%20%20%20%20_mark%20%3D%20%7B%22yes%22%3A%20(%22%E2%9C%93%22%2C%20%22ok%22)%2C%20%22no%22%3A%20(%22%E2%9C%97%22%2C%20%22no%22)%2C%20%22open%22%3A%20(%22%E2%80%93%22%2C%20%22open%22)%2C%20%22close%22%3A%20(%22%E2%89%88%22%2C%20%22open%22)%7D%0A%0A%20%20%20%20def%20_chip(label%2C%20state)%3A%0A%20%20%20%20%20%20%20%20sym%2C%20cls%20%3D%20_mark%5Bstate%5D%0A%20%20%20%20%20%20%20%20return%20f'%3Cspan%20class%3D%22chip%20%7Bcls%7D%22%3E%7Bsym%7D%20%7Blabel%7D%3C%2Fspan%3E'%0A%0A%20%20%20%20_html%20%3D%20%22%22.join(%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Cdiv%20class%3D%22card%22%3E%3Cdiv%20class%3D%22mol%22%20id%3D%22m-%7Bk%7D%22%3E%3C%2Fdiv%3E%3Cdiv%20class%3D%22from%22%3E%7Bs%7D%3C%2Fdiv%3E%3Cdiv%20class%3D%22arrow%22%3E%E2%86%93%3C%2Fdiv%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Cdiv%20class%3D%22to%22%3E%7Bm%7D%3C%2Fdiv%3E%3Cdiv%20class%3D%22where%22%3E%7Bw%7D%3C%2Fdiv%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20f'%3Cdiv%20class%3D%22chips%22%3E%7B_chip(%22active%22%2C%20a)%7D%7B_chip(%22holds%20its%20metal%22%2C%20h)%7D%7B_chip(%22new%22%2C%20n)%7D%3C%2Fdiv%3E%3C%2Fdiv%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20for%20k%2C%20s%2C%20m%2C%20w%2C%20a%2C%20h%2C%20n%2C%20_%20in%20_cards)%0A%20%20%20%20_metals%20%3D%20%7Bc%5B0%5D%3A%20c%5B-1%5D%20for%20c%20in%20_cards%7D%0A%20%20%20%20_page%20%3D%20f%22%22%22%3C!doctype%20html%3E%3Chtml%3E%3Chead%3E%3Cmeta%20charset%3D%22utf-8%22%3E%0A%20%20%20%20%3Clink%20rel%3D%22stylesheet%22%20href%3D%22https%3A%2F%2Ffonts.googleapis.com%2Fcss2%3Ffamily%3DNewsreader%3Aopsz%2Cwght%406..72%2C600%26family%3DSource%2BSans%2B3%3Awght%40400%3B600%26display%3Dswap%22%3E%0A%20%20%20%20%3Cstyle%3E%0A%20%20%20%20%20%20body%20%7B%7B%20margin%3A%200%3B%20font-family%3A%20%22Source%20Sans%203%22%2C%20system-ui%2C%20sans-serif%3B%20color%3A%20%231c2427%3B%20background%3A%20transparent%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.grid%20%7B%7B%20display%3A%20grid%3B%20grid-template-columns%3A%20repeat(3%2C%20minmax(0%2C%201fr))%3B%20gap%3A%2012px%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20%40media%20(max-width%3A%20640px)%20%7B%7B%20.grid%20%7B%7B%20grid-template-columns%3A%201fr%3B%20%7D%7D%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.card%20%7B%7B%20background%3A%20%23fff%3B%20border%3A%201px%20solid%20%23d3dbde%3B%20border-radius%3A%2010px%3B%20padding%3A%2010px%2012px%2012px%3B%20text-align%3A%20center%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.mol%20%7B%7B%20position%3A%20relative%3B%20width%3A%20100%25%3B%20height%3A%20170px%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.from%20%7B%7B%20font-size%3A%200.86rem%3B%20color%3A%20%2359666b%3B%20margin-top%3A%204px%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.arrow%20%7B%7B%20color%3A%20%239aa5ab%3B%20line-height%3A%201%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.to%20%7B%7B%20font-family%3A%20%22Newsreader%22%2C%20Georgia%2C%20serif%3B%20font-size%3A%201.3rem%3B%20font-weight%3A%20600%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.where%20%7B%7B%20font-size%3A%200.82rem%3B%20color%3A%20%2359666b%3B%20margin-bottom%3A%208px%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.chips%20%7B%7B%20display%3A%20flex%3B%20flex-wrap%3A%20wrap%3B%20gap%3A%204px%3B%20justify-content%3A%20center%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.chip%20%7B%7B%20font-size%3A%200.74rem%3B%20padding%3A%201px%208px%3B%20border-radius%3A%20999px%3B%20font-weight%3A%20600%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.chip.ok%20%7B%7B%20background%3A%20%23dcefe4%3B%20color%3A%20%232f6b4f%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.chip.no%20%7B%7B%20background%3A%20%23f6e1de%3B%20color%3A%20%239c3a2c%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%20%20.chip.open%20%7B%7B%20background%3A%20%23eef1f2%3B%20color%3A%20%2359666b%3B%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%3C%2Fstyle%3E%0A%20%20%20%20%3Cscript%20src%3D%22https%3A%2F%2Fcdnjs.cloudflare.com%2Fajax%2Flibs%2F3Dmol%2F2.4.2%2F3Dmol-min.js%22%3E%3C%2Fscript%3E%3C%2Fhead%3E%0A%20%20%20%20%3Cbody%3E%3Cdiv%20class%3D%22grid%22%3E%7B_html%7D%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%3Cscript%3E%0A%20%20%20%20%20%20const%20XYZ%20%3D%20%7B_json.dumps(gallery)%7D%2C%20METAL%20%3D%20%7B_json.dumps(_metals)%7D%3B%0A%20%20%20%20%20%20const%20COL%20%3D%20%7B%7BFe%3A%20%22%23c4682f%22%2C%20Co%3A%20%22%233f6fc0%22%2C%20Cu%3A%20%22%231f8f8a%22%2C%20Ni%3A%20%22%233f9a6a%22%7D%7D%3B%0A%20%20%20%20%20%20for%20(const%20k%20in%20XYZ)%20%7B%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20const%20v%20%3D%20%243Dmol.createViewer(document.getElementById(%22m-%22%20%2B%20k)%2C%20%7B%7BbackgroundColor%3A%20%22white%22%2C%20antialias%3A%20true%7D%7D)%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.addModel(XYZ%5Bk%5D%2C%20%22xyz%22)%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.setStyle(%7B%7B%7D%7D%2C%20%7B%7Bstick%3A%20%7B%7Bradius%3A%200.13%2C%20colorscheme%3A%20%22Jmol%22%7D%7D%2C%20sphere%3A%20%7B%7Bscale%3A%200.22%2C%20colorscheme%3A%20%22Jmol%22%7D%7D%7D%7D)%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.setStyle(%7B%7Belem%3A%20%22C%22%7D%7D%2C%20%7B%7Bstick%3A%20%7B%7Bradius%3A%200.13%2C%20color%3A%20%22%235d6b70%22%7D%7D%2C%20sphere%3A%20%7B%7Bscale%3A%200.2%2C%20color%3A%20%22%235d6b70%22%7D%7D%7D%7D)%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.setStyle(%7B%7Belem%3A%20METAL%5Bk%5D%7D%7D%2C%20%7B%7Bstick%3A%20%7B%7Bradius%3A%200.13%2C%20color%3A%20COL%5BMETAL%5Bk%5D%5D%7D%7D%2C%20sphere%3A%20%7B%7Bscale%3A%200.42%2C%20color%3A%20COL%5BMETAL%5Bk%5D%5D%7D%7D%7D%7D)%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.setStyle(%7B%7Belem%3A%20%22Mo%22%7D%7D%2C%20%7B%7Bstick%3A%20%7B%7Bradius%3A%200.13%2C%20color%3A%20%22%238a68b0%22%7D%7D%2C%20sphere%3A%20%7B%7Bscale%3A%200.26%2C%20color%3A%20%22%238a68b0%22%7D%7D%7D%7D)%3B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20v.zoomTo()%3B%20v.rotate(-58%2C%20%22x%22)%3B%20v.rotate(18%2C%20%22y%22)%3B%20v.zoom(1.2)%3B%20v.render()%3B%0A%20%20%20%20%20%20%7D%7D%0A%20%20%20%20%3C%2Fscript%3E%3C%2Fbody%3E%3C%2Fhtml%3E%22%22%22%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.Html('%3Csection%20class%3D%22pt-section%22%3E%3Cdiv%20class%3D%22pt-kicker%22%3E7%20%C2%B7%20Gallery%3C%2Fdiv%3E%3Ch2%3ESix%20motifs%20from%20enzyme%20to%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'catalyst%3C%2Fh2%3E%3Cp%20class%3D%22pt-lede%22%3EEach%20card%20goes%20from%20the%20enzyme%20site%20to%20the%20catalyst%20motif%20we%20computed%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'(relaxed%20structure%2C%20H%20on%20the%20metal%3B%20drag%20to%20rotate).%20The%20marks%20are%20preliminary.%3C%2Fp%3E%3C%2Fsection%3E')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.iframe(_page%2C%20height%3D%22640px%22)%5D%2C%20gap%3D0.4)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(assets%2C%20mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.Html(f%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Csection%20class%3D%22pt-section%20pt-md%22%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-kicker%22%3E8%20%C2%B7%20Will%20it%20survive%20synthesis%3F%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Ch2%3EPyrolysis%20with%20a%20machine-learned%20force%20field%3C%2Fh2%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cp%20class%3D%22pt-lede%22%3EMany%20motifs%20bind%20hydrogen%20well%2C%20but%20most%20would%20lose%20their%20metal%20during%20pyrolysis.%20A%20MACE%20force%0A%20%20%20%20%20%20field%20fine-tuned%20on%20our%20DFT%20frames%20simulates%20it%20at%201500%20K%3A%20the%20weak%20site%20(Zn%E2%80%93NS%E2%82%82)%20loses%20its%20metal%20within%20a%0A%20%20%20%20%20%20fraction%20of%20a%20picosecond%2C%20while%20Co%E2%80%93N%E2%82%82OC%20keeps%20all%20four%20donors%20over%205%20ps%2C%20as%20the%20escape%20barriers%20predicted.%3C%2Fp%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cvideo%20src%3D%22%7Bassets%5B'md'%5D%7D%22%20autoplay%20loop%20muted%20playsinline%20controls%3E%3C%2Fvideo%3E%0A%20%20%20%20%3C%2Fsection%3E%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(literature%2C%20mo%2C%20pd%2C%20pretty)%3A%0A%20%20%20%20_label%20%3D%20%7B%22reported_experimental%22%3A%20%22made%20before%22%2C%20%22related_only%22%3A%20%22only%20related%20sites%20reported%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22not_found%22%3A%20%22no%20report%20found%22%7D%0A%20%20%20%20_lit%20%3D%20pd.DataFrame(%7B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22motif%22%3A%20literature.motif.map(pretty)%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22%CE%94G_H%20(eV)%22%3A%20literature.dg%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22verdict%22%3A%20%5B_label.get(v%5B%22verdict%22%5D%2C%20v%5B%22verdict%22%5D)%20for%20v%20in%20literature.verdict%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22closest%20report%22%3A%20%5Bnext((f'%7Bc%5B%22title%22%5D%7D%20(%7Bc%5B%22year%22%5D%7D)'%20for%20c%20in%20v%5B%22closest%22%5D)%2C%20%22%22)%20for%20v%20in%20literature.verdict%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%22H%E2%82%82%20evolution%20reported%3F%22%3A%20%5Bv%5B%22her_reported%22%5D%20for%20v%20in%20literature.verdict%5D%2C%0A%20%20%20%20%7D)%0A%20%20%20%20mo.vstack(%5B%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.Html('%3Csection%20class%3D%22pt-section%22%3E%3Cdiv%20class%3D%22pt-kicker%22%3E9%20%C2%B7%20Literature%20check%3C%2Fdiv%3E%3Ch2%3EWhat%20is%20new%3F%3C%2Fh2%3E'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'%3Cp%20class%3D%22pt-lede%22%3EMulti-agent%20literature%20screen%20on%20Valency%3A%20Claude%20Haiku%20triages%20titles%2C%20Claude%20Sonnet%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'judges%20abstracts%20and%20tries%20to%20refute%20novelty%20claims%2C%20Claude%20Opus%20reads%20the%20flagged%20papers%20in%20full.%20'%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20'Final%20check%20of%20the%20near-optimal%20DFT%20motifs%3A%3C%2Fp%3E%3C%2Fsection%3E')%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20mo.ui.table(_lit%2C%20selection%3DNone%2C%20show_column_summaries%3DFalse%2C%20wrapped_columns%3D%5B%22closest%20report%22%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%22H%E2%82%82%20evolution%20reported%3F%22%5D)%5D%2C%0A%20%20%20%20%20%20%20%20gap%3D0.4)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0A%40app.cell%0Adef%20_(mo)%3A%0A%20%20%20%20mo.Html(%22%22%22%0A%20%20%20%20%3Csection%20class%3D%22pt-section%22%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-kicker%22%3E10%20%C2%B7%20Data%20and%20code%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Ch2%3EOpen%20dataset%2C%20open%20pipeline%3C%2Fh2%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-grid%22%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-card%22%3E%3Ch3%3EDataset%20(Zenodo)%3C%2Fh3%3E%3Cp%3EEvery%20PDB%20metal%20site%20with%20its%20first%20shell%2C%20the%20support%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20mappings%2C%20all%20xTB%20and%20DFT%20results%2C%20and%20about%2011%2C000%20DFT%20and%205%2C000%20xTB%20structures%20with%20energies%20and%20forces%20for%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20force-field%20training.%20Database%20and%20tables%20CC%20BY%204.0%2C%20structures%20CC0.%3C%2Fp%3E%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-card%22%3E%3Ch3%3ECode%20(this%20repository)%3C%2Fh3%3E%3Cp%3EPDB%20sweep%2C%20structure%20builders%2C%20xTB%20screens%2C%20Quantum%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ESPRESSO%20inputs%2C%20analysis%2C%20database%20and%20these%20notebooks.%20MIT%20licence.%20Run%20this%20notebook%20locally%20with%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20%3Ccode%3Emarimo%20run%20notebooks%2Fsacred.py%3C%2Fcode%3E.%3C%2Fp%3E%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%3Cdiv%20class%3D%22pt-card%22%3E%3Ch3%3EBuilt%20with%20AI%3C%2Fh3%3E%3Cp%3EClaude%20Opus%20in%20Claude%20Code%20wrote%20and%20ran%20the%20pipeline%3B%20Valency%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20literature%20agents%3B%20a%20MACE-MP-0%20force%20field%20fine-tuned%20on%20our%20DFT.%20The%20scientific%20decisions%20and%20checks%20are%0A%20%20%20%20%20%20%20%20%20%20ours.%3C%2Fp%3E%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%20%20%3C%2Fdiv%3E%0A%20%20%20%20%3C%2Fsection%3E%0A%20%20%20%20%3Cp%20class%3D%22pt-foot%22%3ESACred%20%C2%B7%20hackathon%20release%2C%20October%202026.%20Every%20number%20is%20a%20draft%20and%20needs%20expert%20checking.%0A%20%20%20%20Structures%20from%20the%20RCSB%20PDB%20(CC0)%3B%20quantum%20chemistry%20with%20GFN2-xTB%20(tblite)%20and%20Quantum%20ESPRESSO.%3C%2Fp%3E%22%22%22)%0A%20%20%20%20return%0A%0A%0Aif%20__name__%20%3D%3D%20%22__main__%22%3A%0A%20%20%20%20app.run()%0A